5 มกราคม 2559 หัวหน้า คสช. ออกคำสั่งฉบับที่ 1/2559 เรื่อง ประกาศรายชื่อเจ้าหน้าที่ของรัฐที่อยู่ระหว่างการถูกตรวจสอบเพิ่มเติม ครั้งที่ 3 สาระสำคัญคือออกคำสั่งพักงานเจ้าหน้าที่ของรัฐ ซึ่งประกอบด้วยผู้บริหารสถานศึกษา ข้าราชการพลเรือน ผู้บริหารและข้าราชการองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น (อปท.) และกรรมการสำนักงานกองทุนสร้างเสริมสุขภาพ (สสส.) รวม 59 คน ซึ่งอยู่ระหว่างถูกตรวจสอบจากหน่วยงานที่มีอำนาจว่ามีส่วนเกี่ยวข้องกับการทุจริตหรือไม่
นอกจากนี้ให้ยุบเลิกคณะกรรมการเขตพื้นที่การศึกษา และคณะอนุกรรมการข้าราชการครูและบุคลากรทางการศึกษา (อ.ก.ค.ศ.) เขตพื้นที่การศึกษา โดยให้โอนอำนาจหน้าที่ไปเป็นของคณะกรรมการศึกษาธิการจังหวัด (กศจ.) ซึ่งแต่งตั้งขึ้นตามคำสั่งนี้ มีหน้าที่กำหนดยุทธศาสตร์ แนวทางการจัดการศึกษาทุกระดับทุกประเภทภายในจังหวัด และให้มีการแต่งตั้งคณะอนุกรรมการศึกษาธิการจังหวัด หรือ อกศจ. ด้วย
ในวันเดียวกันมีคำสั่ง คสช. ที่ 11/2559 เรื่อง การบริหารราชการของกระทรวงศึกษาธิการในภูมิภาค ให้มีศึกษาธิการจังหวัด และศึกษาธิการภาค เพื่อปฏิบัติภารกิจของกระทรวงฯ ในระดับพื้นที่ กำหนดยุทธศาสตร์ สนับสนุนการพัฒนาจังหวัด ประสานการบริหารงานระหว่างราชการส่วนกลางกับส่วนภูมิภาค
คำสั่งดังกล่าวยังให้โอนอำนาจหน้าที่ของผู้อำนวยการสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาและมัธยมศึกษา เฉพาะงานที่เกี่ยวกับ อ.ก.ค.ศ.เขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาและมัธยมศึกษา ไปเป็นอำนาจหน้าที่ของศึกษาธิการจังหวัด
ฉบับที่ 72/2559 เรื่อง การแก้ไขปัญหาผลกระทบจากการประกอบกิจการเหมืองแร่ทองคํา ระบุว่า ให้ผู้มีอำนาจในการออกอาชญาบัตร ประทานบัตร และใบอนุญาตโลหกรรมตามกฎหมายว่าด้วยแร่ ระงับการอนุญาตให้สำรวจและทำเหมืองแร่ทองคำ รวมถึงการต่ออายุสัมปทานบัตรจนกว่าคณะกรรมการนโยบายบริหารจัดการแร่แห่งชาติ จะมีมติเป็นอย่างอื่น และให้ผู้ที่ได้รับประทานบัตรและใบอนุญาตต่างๆ ระงับการประกอบกิจการตั้งแต่วันที่ 1 มกราคม 2560 เป็นต้นไป แต่ผู้ประกอบการยังคงมีหน้าที่ฟื้นฟูพื้นที่ตามาตรการป้องกันและแก้ไขผลกระทบสิ่งแวดล้อม
และคำสั่ง หัวหน้า คสช. ที่ 73/2559 เรื่อง การปฏิบัติหน้าที่ของผู้อํานวยการสํานักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (เพิ่มเติม) ระบุว่า ตามคำสั่งหัวหน้า คสช. ที่ 23/2559 ที่ให้ ชาญณรงค์ พรรุ่งโรจน์ ผู้อำนวยการสํานักงานรับรองมาตรฐานและประเมินคุณภาพการศึกษา (สมศ.) ระงับการปฏิบัติหน้าที่ชั่วคราว และให้ คมศร วงษ์รักษา เป็นรักษาการแทน แต่เนื่องจาก คมศร จะพ้นจากตำแหน่งเพราะอายุครบหกสิบปีบริบูรณ์ จึงมีคำสั่งให้ ชาญณรงค์ พ้นจากตำแหน่ง ผอ.สมศ., ให้ คมศร พ้นจากตำแหน่งรักษาการ ผอ.สมศ. และให้คณะกรรมการ สมศ. ดำเนินการสรรหา ผอ.สมศ.ขึ้นแทน
20 ธันวาคม 2559 หัวหน้า คสช. ออกคำสั่งฉบับที่ 74/2559 เรื่อง แก้ไขเพิ่มเติมคําสั่งหัวหน้า คสช. ที่ 17/2558 ระบุว่า เพื่อผลักดันให้เกิดเขตเศรษฐกิจพิเศษโดยเร็ว จึงต้องเร่งจัดหาที่ดินในจังหวัดกาญจนบุรีและนครพนมที่มีความพร้อม โดยสั่งให้ถอนสภาพที่สาธารณประโยชน์ในพื้นที่ ต.อาจสามารถ จ.นครพนม ตามหนังสือสำคัญสำหรับที่หลวงเลขที่ 7941 ลงวันที่ 8 กุมภาพันธ์ 2521 เฉพาะภายในแนวเขต ตามแผนที่หมายเลข 9 แนบท้ายคำสั่งฉบับนี้ และถอนการสงวนหวงห้ามที่ดินในท้องที่ตําบลบ้านเก่า อําเภอเมืองกาญจนบุรี จังหวัดกาญจนบุรี ภายในแนวเขต ตามแผนที่หมายเลข 10 ท้ายคําสั่งนี้