4 มกราคม 2556
เวลา 19.00 ทางโทรทัศน์ไทยทีวีสีช่อง 3 ได้ออกประกาศเตือนผู้ชมว่า ละครเรื่องเหนือเมฆ 2 จะงดออกอากาศและหยุดเผยแพร่ละครเรื่องนี้ โดยจะนำละครเรื่อง แรงปรารถนา เข้ามาฉายทดแทน จากเดิมที่มีกำหนดออกอากาศในวันที่ 11 มกราคมนี้ โดยทั้งนี้ให้เหตุผลว่ามีเนื้อหาไม่เหมาะสมจึงถูกดำเนินการถอดถอนจากการออกอากาศ
เวลา 20.30 ทางโทรทัศน์ไทยทีวีสีช่อง 3 ได้ออกประกาศแจ้งเตือนอีกครั้งว่าจะงดออกอากาศและหยุดการเผยแพร่ออกอากาศละครเรื่อง เหนือเมฆ 2 และจะดำเนินการนำละครเรื่องแรงปรารถนาเข้ามาฉายแทน และหลังจากการประกาศแจ้งเตือนดังกล่าวอีกครั้งก็ ได้นำละครเรื่องแรงปรารถนา ออกมาฉายแทน โดยมีข้อวิพากษ์วิจารณ์มากมายในสื่อสังคมออนไลน์ว่า เป็นเพราะเหตุใดทางช่อง 3 จึงได้มีการยุติการออกอากาศละครเรื่อง เหนือเมฆ โดยทั้งนี้มีข้อวิพากษ์วิจารณ์มากมายหลายประการ และประการหนึ่งที่ประชาชนมีความสนใจและพูดถึงประเด็นที่ทางช่อง 3 ถอดละครเรื่องเหนือเมฆ2 อาจเป็นเพราะว่า เป็นการพาดพิง กระทบถึงการทำงานของรัฐบาล อีกทั้งปัญหาคอรัปชั่นและสัมปทานดาวเทียม
5 มกราคม 2556
ทางสื่อมวลชนได้โทรศัพท์สัมภาษณ์ไปยัง นายฉัตรชัย เปล่งพาณิชย์ ซึ่งเป็นผู้จัดละครเรื่องเหนือเมฆ 2 ถึงกรณีที่ละครถูกถอดถอนจากการออกอากาศ แต่ไม่สามารถติดต่อได้ จึงได้สัมภาษณ์นางสินจัย เปล่งพาณิชย์ โดยได้คำตอบว่าโดยส่วนตัวรู้แล้วว่าละครเรื่องนี้ถูกถอดจากการฉายออกอากาศ และให้สัมภาษณ์ว่า สาเหตุมาจากเรื่องอะไรนั้น ลำบากใจที่จะตอบ ต้องขอโทษจริงๆด้วย ที่ไม่สามารถตอบอะไรได้
6 มกราคม 2556
สมาคมองค์การพิทักษ์รัฐธรรมนูญไทย โดยนายศรีสุวรรณ จรรยา ซึ่งเป็นเลขาธิการ ได้ออกแถลงการณ์ว่า ทางช่อง 3 นั้น ได้ละเมิดสิทธิผู้บริโภคและรัฐธรรมนูญไทย ในกรณีถอดบทละครเรื่องเหนือเมฆ 2 ออกจากการออกอากาศ ทั้งนี้ ยังเรียกร้องให้สำนักคณะกรรมการคุ้มครองผู้บริโภค (สคบ.) และคณะกรรมการกำกับกิจการโทรทัศน์และคมนาคมแห่งชาติ(กสทช.) เข้าไปจัดการดูแล คุ้มครองสิทธิของผู้บริโภคโดยทันที โดยทางช่อง 3 ให้เหตุผลว่า มีเนื้อหาไม่เหมาะสมนั้น ฟังไม่ขึ้น เพราะเนื้อหาของละคร เหนือเมฆ 2 ที่ถูกถอดถอนจากการออกอากาศนั้น เมื่อพิจารณาดูจากเนื้อหาจะเห็นได้ว่าไม่ว่าจะเป็นตอนใดๆ ไม่เข้าข่ายที่มีเนื้อหา หมิ่นสถาบันพระมหากษัตริย์ หรือ ผิดต่อพระราชบัญญัติวิทยุและกระจายเสียงโทรทัศน์ 2551 แต่อย่างใด การที่ ช่อง 3 ถอดละคร เรื่องเหนือเมฆ 2 นั้น จึงไม่เป็นการสมควร และ ไม่อยู่ในฐานข้อเท็จจริงประการใด ซึ่งทั้งนี้ช่อง 3 จะมีความผิดในฐาน ลิดรอนสิทธิของผู้บริโภคสาธารณะโดยชัดแจ้ง ตามรัฐธรรมนูญไทย มาตราที่ 45 มาตรา 61 ประกอบด้วย มาตรา 4 แห่งพระราชบัญญัติ คุ้มครองผู้บริโภค 2522 ทั้งนี้ยังแจงอีกว่า หาก กสทช. หรือ สคบ. ไม่ดำเนินการให้ละครเรื่องเหนือเมฆ 2 กลับมาออกอากาศได้ภายใน 3 วัน นับแต่วันที่ 5 มกราคม จะยื่นฟ้องในฐานละเว้นการปฎิบัติหน้าที่ ตามที่กฎหมายได้บัญญัติถึงหน้าที่ให้คุ้มครองสิทธิของผู้บริโภค หากไม่ดำเนินการภานในเวลาที่กำหนด จะรวมตัวกับประชาชนยื่นฟ้องศาลปกครองกลางเพื่อมีคำสั่งให้นำละครเรื่องเหนือเมฆ 2 นำกลับมาออกอากาศอีกครั้ง
7 มกราคม 2556
พ.อ.นที ศุกลรัตน์ รองประธาน กสทช. ได้รับการชี้แจงจากช่อง 3 ถึงเรื่องสาเหตุที่ถอดละครเรื่องเหนือเมฆ 2 จากการออกอากาศ เนื่องจากเพราะว่า เป็นดุลพินิจของคณะกรรมการช่อง 3 ที่ถอดละครเรื่องเหนือเมฆ 2 เพราะพิจารณาดูแล้วเป็นการสุ่มเสี่ยงที่จะเข้าข่ายผิดต่อ มาตรา 37 พระราชบัญญัติการประกอบกิจการกระจายเสียง และโทรทัศน์ 2551 ที่ห้ามมิให้ออกอากาศรายการที่มีเนื้อหาสาระที่ก่อให้เกิดการล้มล้างการปกครองในระบอบประชาธิปไตยอันมีพระมหากษัตริย์เป็นประมุข หรือที่มีผลกระทบต่อความมั่นคงของรัฐ ความสงบเรียบร้อยหรือศิลธรรมอันดีของประชาชน
8 มกราคม 2556
ผู้บริหารสถานีช่อง 3 ได้ส่งจดหมายมาที่ กสทช. ลงนามโดยนายสมรักษ์ ณรงค์วิชัย ผู้จัดการฝ่ายผลิตรายการช่อง 3 ลงวันที่ 8 มกราคม ระบุว่า ช่อง 3 ได้สร้างละครเหนือเมฆ ขึ้นมาด้วยเจตนาเพื่อความบันเทิงให้ผู้ชม ได้รับความสนุกสนานจากการชมละคร ตามที่ผู้ผลิตได้สมมุติขึ้น โดยไม่ประสงค์ให้เกิดความขัดแย้ง แต่เมื่อละครเรื่องนี้ได้รับการวิพากษ์วิจารณ์ไปต่างๆนาๆ ทางสถานีจึงได้พิจารณาตามหน้าที่ปกติและพบว่าละครเรื่องดังกล่าวนี้ มีเนื้อหาบางช่วงบางตอนที่ไม่เหมาะสมต่อการออกอากาศ จึงได้งดอกอากาศในวันดังกล่าว ด้วยความสุจริตใจ จึงเรียนมาเพื่อโปรดทราบ ทั้งนี้ พล.ท.พีระพงษ์ ซึ่งเป็นกรรมการ กสทช. โดยระบุว่า จะนำประเด็นนี้ รวมกับข้อเรียกร้องที่มีนาย ศรีสุวรรณ จรรยา เป็นแกนนำ และได้ยื่นเรื่องร้องเรียนให้ กสทช.ตรวจสอบช่อง 3 ในการยุติการออกอากาศได้หารือในที่ประชุมคณะอนุกรรมการการพิจารณาเนื้อหาและผังรายการ ในวันที่ 18 มกราคม
ในวันเดียวกันนั้น นายพร้อมพงศ์ นพฤทธิ์ โฆษกพรรคเพื่อไทยปฎิเสธที่รัฐบาลแบนละครเรื่องเหนือเมฆ 2 โดยกล่าวยืนยันว่ารัฐบาลไม่ได้สั่งหรือกดดันให้ ช่อง 3 หยุดออกอากาศละคร เรื่องเหนือเมฆ 2 เพราะเข้าใจว่า การแสดงเป็นบทบาทละครที่สมมุติขึ้น และรัฐบาลก็ไม่มีนโยบายแทรกแซงการทำหน้าที่ของสื่อมวลชน และทั้งนี้ยังชี้แจงว่า พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร อดีตนายกรัฐมนตรี ไม่มีส่วนเกี่ยวข้องกับการหยุดออกอากาศ ของละครเหนือเมฆ 2
13 มกราคม 2556
กลุ่มชายชุดขาว หน้ากากขาว ในนามสื่อสังคมออนไลน์แบนช่อง 3 กรณีถอดละครเรื่องเหนือเมฆ 2 ประมาณ 200 คนเดินทางมา ณ อาคารมาลีนนท์ทาวเวอร์ ถนนพระราม 4 ซึ่งเป็นสถานที่ทำการของช่อง 3 เพื่อประท้วงถึงกรณีที่มีการยุติการออกอากาศ ละครเรื่อง เหนือเมฆ 2
16 มกราคม 2556
นายศุภชัย ศรีหล้า ประธานกรรมมาธิการ การพัฒนาการเมือง การสื่อสารมวลชน และการมีส่วนร่วมของประชาชน (กมธ.) ได้มีมติทำหนังสือเชิญผู้บริหารช่อง 3 เข้าชี้แจงในกรณีที่ แบนละครเหนือเมฆ 2 โดยให้ชี้แจงถึงกรณีที่ ช่อง 3 ให้ข้อเท็จจริงถึงกรณีในการแบนว่าขัดต่อ มาตรา 37 พระราชบัญญัติการประกอบกิจการกระจายเสียงและโทรทัศน์ 2551 ในวันที่ 23 มกราคม 2556
ในวันเดียวกันนี้นายฉัตรชัยและนางสินจัย เปล่งพาณิช ได้เข้าชี้แจงต่อคณะกรรมการกรรมมาธิการ การพัฒนาการเมือง การสื่อสารมวลชน และการมีส่วนร่วมของประชาชน(กมธ.) ที่อาคารรัฐสภาในกรณีที่ได้มียุติการอกอากาศละครเรื่องเหนือเมฆ 2
21 มกราคม 2556
นายรุจิระ บุนนาค ฟ้องคดีต่อศาลแพ่งกรุงเทพใต้ ในคดี ช่อง 3 หรือ บริษัทบางกอกเอนเตอร์เทนเม้นต์ ในกรณีที่ยุติการอกอากาศละครเรื่องเหนือเมฆ 2 โดยให้นำมาออกอากาศในเวลาเดิม ตามวันเวลาที่เคยออกอากาศ โดยถ้าไม่ดำเนินการด้วยสาเหตุใดๆก็ตาม จะต้องชดใช้ค่าเสียหายเป็นจำนวนเงิน 10 ล้านบาท
23 มกราคม 2556
เวลา 09.30 ที่รัฐสภา คณะกรรมมาธิการการพัฒนาการเมือง การสื่อสารมวลชน และการมีส่วนร่วมของประชาชน ที่มีนาย ศุภชัย ศรีหล้า สส.พรรคประชาธิปัตย์ เป็นประธาน ได้พิจารณาถึงกรณีที่มีการยุติการออกอากาศละครเรื่อง เหนือเมฆ 2 โดยชี้แจงว่าทั้งนี้เป็นอำนาจดุลพินิจของทางช่อง 3 ที่มีการควบคุมไม่ให้ออกอากาศได้เอง โดยทั้งนี้ไม่มีใบสั่ง คำสั่งให้ยุติการออกอากาศแต่อย่างใด โดยทั้งนี้ช่อง 3 ให้เหตุผลว่าทั้งนี้ถ้ามีการปล่อยให้มีการออกอากาศต่อไปอาจทำให้ประชาชนเกิดความเข้าใจผิดในเนื้อหาและตีความไปในทางที่ผิดอันจะทำให้เกิดความขัดแย้งต่อสังคม แต่ทั้งนี้ก็ยอมรับว่าการยุติการออกอากาศของช่อง 3 เป็นการกระทำที่กังวลไปก่อนเสียจะเกิดขึ้นจริง แต่ทั้งนี้ก็พร้อมเข้าใจเนื่องจากมีกรณีที่มีการเซนเซอร์ รายการไทยแลนด์ ก็อท ทาเลนท์ ไว้เป็นบทเรียน แต่ทั้งนี้ก็ยังย้ำว่า การยุติการออกอากาศละครเรื่อง เหนือเมฆ 2 ของช่อง3นั้น ก็คิดว่าต้องมีมาตราการที่จะจัดการหากได้ความว่าการยุติการออกอากาศของช่อง3 นั้นเป็นการกระทำเป็นเองโดยไม่มีมูลของความผิดที่เข้าใจอย่างในมาตรา 37 พระราชบัญญัติการประกอบกิจการกระจายเสียงและโทรทัศน์ 2551
ทั้งนี้คณะกรรมาธิการ (กมธ.) การพัฒนาการเมือง การสื่อสารมวลชน และการมีส่วนร่วมของประชาชน สภาผู้แทนราษฎร ได้ทำหนังสือถึง ช่อง 3 ให้จัดส่งเทปละครเหนือเมฆ 3 ตอนสุดท้าย คือ 10,11 และ 12 ที่ถูกระงับการออกอากาศไป มาตรวจสอบ ว่ามีเนื้อหาขัดมาตรา 37 พ.ร.บ.การประกอบกิจการกระจายเสียงและกิจการโทรทัศน์ พ.ศ.2551 ตามที่ผู้บริหารช่อง 3 ชี้แจงข้อมูลต่อกมธ.
11 กุมภาพันธ์ 2556
สำนักข่าวอิสรา รายงานว่า นายศุภชัย ศรีหล้า ส.ส.อุบลราชธานี พรรคประชาธิปัตย์ ในฐานะประธานคณะกรรมาธิการ (กมธ.) การพัฒนาการเมือง การสื่อสารมวลชน และการมีส่วนร่วมของประชาชน สภาผู้แทนราษฎร เปิดว่า ล่าสุด ช่อง 3 ได้ทำหนังสือถึง กมธ. แจ้งให้ทราบว่า ไม่สามารถจัดส่งเทปละครเหนือเมฆ 2 สามตอนสุดท้าย ที่ถูกระงับการออกอากาศให้ได้ เนื่องจากได้ทำลายเทปละครดังกล่าวทิ้งไปหมดแล้ว
นายศุภชัย กล่าวว่า เมื่อช่อง 3 ไม่สามารถจัดส่งเทปละครเหนือเมฆ ให้ได้ ทางกมธ. จะทำการสรุปผลการสอบสวนกรณีนี้ไปตามข้อมูลที่ได้รับในชั้นสอบสวน และจะเชิญคณะกรรมการกิจการกระจายเสียง กิจการโทรทัศน์และกิจการโทรคมนาคมแห่งชาติ (กสทช.) ในฐานะหน่วยงานที่มีหน้าที่รับผิดชอบเรื่องนี้โดยตรง มาแลกเปลี่ยนความเห็นต่อไป
22 เมษายน 2556
มีการประชุมคณะกรรมการกสทช. ถึงกรณีสถานีโทรทัศน์ช่อง 3 ยุติการออกอากาศละครเรื่อง "เหนือเมฆ 2" มีผลว่า เห็นชอบกับผลการพิจารณาของอนุกรรมการพิจารณาเนื้อหารายการ กรณี ยุติออกอากาศเหนือเมฆ 2 เนื่องจากาการพิจารนายุติออกอากาศ เป็นไปตามการดำเนินการของสถานี โดยคำนึงถึงสิทธิขั้นพื้นฐานของผู้บริโภคเป็นสำคัญ ดังนั้นการสั่งระงับ ช่อง 3 ต้องชี้แจงข้อเท็จจริง และผลการดำเนินการต่อสังคมอย่างสมเหตุผล โดยต้องคำนึงถึงหลักความโปร่งใสในการเสนอข่าวสาร โดยให้ กสทช.แจ้งให้ช่อง 3 ทราบผล และดำเนินการ พร้อมรายงานให้กรรมการ กสท. ทราบ ภายใน 15 วัน
นอกจากนี้มีมติออกมาว่า ให้สถานีโทรทัศน์ทุกช่อง แต่งตั้งผู้อำนวยการสถานี เพื่อพิจารณากำหนดหลักการเนื้อหารายการที่ออกอากาศ เพื่อไม่ให้ขัดต่อตามาตรา 29, 37 พระราชบัญญัติประกอบกิจการวิทยุกระจายเสียงและกิจการโทรทัศน์ ปี 2551 โดยให้เจ้าของสถานี หรือ ผู้ได้รับใบอนุญาต แต่งตั้งผู้อำนวยการประจำสถานี เพื่อดูแลการออกอากาศ และจัดรายการ ให้ถูกต้องตามกฎหมาย ซึ่งผู้รับใบอนุญาต จะต้องรับผิดหากมีการออกอากาศขัดตามมาตรเกี่ยวข้อง ยกเว้นพิสูจน์ได้ว่าไม่รู้เห็น และได้ดำเนินการตามสมควรไปแล้ว
5 พฤษภาคม 2556
ละครเหนือเมฆ สอง ตอนมือปราบจอมขมังเวทย์ ได้รับรางวัลละครเมขลาส่งเสริมคุณธรรมและจริยธรรมดีเด่น